Впервые звание «Заслуженный врач РСФСР» было установлено Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 11 января 1940 года «Об установлении почётных званий РСФСР — Заслуженного учителя школы и Заслуженного врача».
Указом Президента РФ от 30 декабря 1995 года № 1341 «Об установлении почётных званий Российской Федерации, утверждении положений о почётных званиях и описания нагрудного знака к почётным званиям Российской Федерации» было введено новое почётное звание «Заслуженный врач Российской Федерации» взамен прежнего. До принятия этого Указа действовали правовые акты об установлении почётных званий РСФСР. После изменения наименования государства с «Российская Советская Федеративная Социалистическая Республика» на «Российская Федерация» (Закон РСФСР от 25 декабря 1991 года № 2094-I) в названиях всех почётных званий наименование «РСФСР» было заменено словами «Российской Федерации», таким образом, с 1992 года до 1996 года производилось присвоение однотипного почётного звания РСФСР, существовавшего с 1940 года, с тождественным современному наименованием «Заслуженный врач Российской Федерации».
Почётное звание присваивается высокопрофессиональным врачам за заслуги в охране здоровья населения, организации и оказании лечебно-профилактической помощи с использованием в практике работы современных достижений медицинской науки и техники и работающим по специальности 15 и более лет.
Почётное звание «Заслуженный работник здравоохранения Российской Федерации» установлено Указом Президента Российской Федерации от 30 декабря 1995 года № 1341 «Об установлении почётных званий Российской Федерации, утверждении положений о почётных званиях и описания нагрудного знака к почётным званиям Российской Федерации». Тем же Указом утверждено первоначальное Положение о почётном звании, в котором говорилось: Почётное звание «Заслуженный работник здравоохранения Российской Федерации» присваивается средним и младшим медицинским работникам, провизорам, фармацевтам, инженерно-техническим работникам, обслуживающему и другому персоналу лечебно-профилактических, санитарно-профилактических, санаторно-курортных, аптечных учреждений, органов здравоохранения, научно-исследовательских, медицинских и фармацевтических институтов, предприятий, организаций, учреждений и объединений независимо от ведомственной подчиненности за заслуги в охране здоровья населения, повышении качества медицинской помощи и лекарственного обеспечения, работающим в области здравоохранения 15 и более лет.