Звание «Заслуженный врач Российской Федерации» установлено Указом Президента Российской Федерации от 30 декабря 1995 года и присваивается высокопрофессиональным врачам за заслуги в охране здоровья населения, организации и оказании лечебно-профилактической помощи с использованием в практике работы современных достижений медицинской науки и техники и работающим по специальности 15 и более лет.
В России до принятия Указа Президента Российской Федерации от 30 декабря 1995 года № 1341 действовали правовые акты об установлении почётных званий РСФСР. После изменения наименования государства с «Российская Советская Федеративная Социалистическая Республика» на «Российская Федерация» в названиях всех почётных званий наименование «РСФСР» было заменено словами «Российской Федерации», таким образом, с 1992 года до 30 марта 1996 года производилось присвоение однотипного почётного звания РСФСР, существовавшего с 1940 года, с тождественным современному наименованием.